Фамилия Жонина хранит память о прозвище дальнего предка — Жона. Скорее всего, основатель рода жил у подножия гор: слово «жон» в киргизском языке означает «гребень горы», «горный хребет». Прозвище могло закрепиться за человеком, чей дом стоял недалеко от скалистой гряды или перевала.

Словообразовательная модель проста: к основе Жон- добавили типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Жонин, то есть сын или потомок Жоны). Окончание -а в фамилии Жонина говорит о том, что перед нами женская форма; мужской вариант — Жонин. Такая пара характерна для большинства русских фамилий на -ин.

Менее вероятная версия выводит прозвище из украинского «жона» — «жена». Если принять эту гипотезу, Жоной могли прозвать крепкого семьянина или, наоборот, подкаблучника. Но связь с горным термином выглядит убедительнее: у фамилии есть параллели в тюркских ономастиконах, а украинское слово «жона» в значении прозвища встречается редко и почти не дало фамилий.

Известный носитель фамилии — Михаил Жонин (род. 1974), театральный актёр. Его пример показывает, что фамилия не затерялась в веках, а продолжает звучать на сцене.