Фамилия Женин — одна из тех, что образована напрямую от повседневной, домашней формы имени. В основе лежит имя Женя — сокращение от канонического Евгений. Греческое εὐγενής (эугенэс) означает «благородный», «из хорошего рода», так что значение у фамилии высокое, хотя звучит она просто и по-свойски.

Словообразовательная модель здесь прозрачная: суффикс -ин указывает на принадлежность. Женин буквально значит «чей?» — сын, внук или потомок человека по имени Женя. Такие «посессивные» фамилии на -ин типичны для русского Севера и центральных областей, где отчества и прозвища часто переходили в фамилии без изменений. Если бы фамилия образовалась от полной формы имени, мы бы получили Евгеньев, но народная, разговорная версия закрепилась как Женин — и это говорит о том, что предок в быту звался именно Женей, а не официальным Евгением.

В церковном календаре имя Евгений связано с несколькими раннехристианскими мучениками. Один из них — священномученик Евгений, пострадавший в IV веке в Херсонесе (современный Севастополь) вместе с группой миссионеров. Они проповедовали в землях Северного Причерноморья, от Дуная до Днепра, и приняли смерть от язычников. Память этого святого могла повлиять на популярность имени в южнорусских и украинских землях, хотя сама фамилия Женин распространена шире и не привязана строго к одному региону.

Можно встретить и другую, более редкую версию происхождения: от прозвища Женя, которое давали не по имени, а по характеру или поведению — например, ласковому, «нежному» человеку. Но это скорее народная этимология: в старых документах такая связь не прослеживается, и большинство ономастов (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») склоняются к версии с производной формой крестильного имени.

Фамилия Женин фиксируется в метрических книгах и ревизских сказках XIX века, в основном среди крестьян и мещан центральной России. Дворянской ветви с такой фамилией нет — это типичная «народная» фамилия, которая закрепилась в среде, где детей в быту называли уменьшительными именами, а от них уже образовывали родовые прозвания. О точной дате возникновения говорить сложно: процесс шёл несколько столетий, и где-то в XVI–XVII веках фамилия могла уже существовать, но письменных свидетельств того времени сохранилось немного.