Фамилия Жунь — редкий случай в русской ономастике, где прозвище перешло в фамилию без типичных суффиксов -ов, -ев или -ин. Вместо привычной модели «Жунин» или «Жунькин» мы видим чистую основу, что указывает на украинское, белорусское или южнорусское происхождение, где такие бессуффиксные фамилии встречаются чаще.

Прозвище Жуня, от которого образована фамилия, восходит к диалектному слову «жуня». В вологодских говорах так называли тихого, медлительного, молчаливого и скрытного человека. Скорее всего, основатель рода Жунь получил это прозвище за свой скромный и необщительный нрав, которое со временем закрепилось как наследственное имя и полностью вытеснило прежнее родовое.

Слово «жуня» может иметь и второе, более редкое значение. В некоторых южных и западных говорах «жунить» означало «жалеть», «скупиться» или «хитрить». Поэтому прозвище иногда давали не только тихоне, но и прижимистому или изворотливому человеку. Какая из двух версий верна для конкретной семьи — без записи семейного предания сказать сложно, но вологодская трактовка встречается в словарях чаще.

Фамилия Жунь встречается преимущественно на западе России, в Беларуси и на Украине — в регионах, где бессуффиксные фамилии исторически были нормой. Если бы предки жили, например, в центральной России, фамилия почти наверняка получила бы суффикс и звучала как Жунин. Редкость фамилии объясняется именно диалектной природой прозвища: слово «жуня» было локальным и не вошло в общелитературный язык.

В современных документах фамилия Жунь не склоняется, если принадлежит мужчине, и склоняется по падежам у женщин (Жуни, Жуню). Поскольку фамилия короткая и односложная, в быту её часто путают с похожими — Жук, Жуй, Жун — но этимологически она стоит особняком.