Фамилия Жунковский — одна из тех, чья история лежит на стыке польской и русской ономастики. Словообразовательный суффикс -ский (или -цкий) в восточнославянских фамилиях чаще всего указывает на дворянское или шляхетское происхождение, на владение землёй или на происхождение из определённого географического пункта. В случае с фамилией Жунковский основа «жунк» почти наверняка восходит к польскому слову żuk — «жук». В польской традиции прозвища, образованные от названий насекомых, были распространены и давались людям за какую-то характерную черту: например, за чёрные волосы, суетливость или маленький рост.

Однако стоит рассмотреть и русскую версию. В русских говорах слово «жунка» или «жунька» могло быть диалектным вариантом имени или прозвища, но документальных подтверждений этому мало. Более вероятно, что Жунковский — это ополяченная или окатоличенная форма фамилии, которая могла возникнуть в западнорусских землях (современные Беларусь, Украина, Смоленщина), где польское влияние было сильным. Там прозвище Жук легко превращалось в фамилию Жуковский, а под влиянием местного произношения или при записи в польских метриках — в Жунковский.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает прояснить картину. Фамилии Жук, Жуков, Жуковский известны повсеместно, и Жунковский — их более редкий, фонетически изменённый вариант. В польском языке буква «u» читается как русское «у», но в некоторых диалектах после шипящих могла произноситься ближе к «ы» или «у» с призвуком, что на письме иногда передавалось через «ą» (носовое). В русском восприятии это и дало «жу» вместо «жу».

Несмотря на дворянский суффикс, носители фамилии Жунковский не обязательно принадлежали к высшему сословию. В XVIII–XIX веках фамилии на -ский могли получать и выходцы из духовенства, и даже крестьяне, если их записывали в реестры по месту жительства или прозвищу. Географическая привязка фамилии сегодня редкая: Жунковские встречаются в основном в западных областях России и в Беларуси, что подтверждает гипотезу о западнорусском происхождении. Точных данных о конкретном населённом пункте, от которого могла пойти фамилия, нет — скорее всего, это был хутор или деревня с названием вроде Жунки или Жунково, которые не сохранились в крупных справочниках.