Фамилия Жупахин — хороший пример того, как в русской ономастике нестандартная основа может скрывать простое прозвище. Её ядро — слово «жупа», но не торопитесь искать в нём польские или украинские корни (жупан — род верхней одежды). Скорее всего, перед нами диалектный вариант от «жупа» в значении «похлёбка, жидкая каша» или «грязь, слякоть». В русских говорах так могли называть и неаккуратного человека, и любителя поесть, и того, кто живёт в болотистой низине.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Жупахин — буквально «сын Жупахи». А Жупаха — это прозвище, образованное от основы «жуп-» с уменьшительно-уничижительным суффиксом -ах(а), который встречается в русских фамилиях нечасто, но показателен (ср. Гуляха, Бедняха). Такая форма в XV–XVII веках могла быть данью просторечному именованию: человек, которого звали Жупахой, явно выделялся либо внешним видом, либо характером.

Фамилия фиксируется в основном в южнорусских регионах — Воронежской, Курской, Ростовской областях. Это зона, где диалектное слово «жупа» (жижа, грязь) было в ходу. Встречаются и варианты написания: Жупаков, Жупанов, но Жупахин стоит особняком именно благодаря суффиксу -ахин, который в русских фамилиях редок и почти всегда выдает прозвищное, а не «календарное» происхождение. Владелец такой фамилии в XVI веке — скорее всего, крестьянин или посадский человек, получивший кличку за неопрятность или, наоборот, за пристрастие к жидкой пище. Альтернативная версия, возводящая фамилию к тюркскому «жуп» (пара, чета), выглядит натянутой: никаких следов такой адаптации в русских говорах нет.