Фамилия Жупахина — женская форма фамилии Жупахин, которая образована по редкой для русских фамилий модели с суффиксом -ахин. В русской ономастике такой суффикс встречается нечасто и обычно указывает на прозвищное происхождение, где основа оканчивалась на -аха. Чаще всего такие фамилии фиксируются в северных и центральных областях России, в частности в бывших Вятской, Архангельской и Костромской губерниях.

Основа фамилии — «жупаха». Это слово не фиксируется в литературном русском языке, но в северных говорах «жупа» или «жупан» могли означать верхнюю одежду, кафтан или зипун. Соответственно, «жупаха» — человек, который носит такую одежду, либо тот, кто её шьет. По аналогии с фамилиями Тупахин или Купахин, где суффикс -ахин присоединялся к прозвищам, образованным от названий предметов быта, можно предположить, что предок носителя фамилии был либо портным, либо просто имел привычку выделяться своей одеждой.

Слово «жупан» имеет южнославянские корни (серб., хорв. župan — «князь», «староста») и в древнерусском языке встречалось редко, преимущественно в значении «начальник округа». Однако в русских диалектах это значение почти не сохранилось, а вот значение «вид верхней одежды» известно в южнорусских говорах. Таким образом, маловероятно, что фамилия восходит к титулу: скорее, перед нами бытовое прозвище, данное по внешнему признаку или роду занятий.

Встречаемость фамилии сегодня невысока. По данным открытых телефонных справочников и архивов ЗАГС, носители фамилии Жупахин и Жупахина рассеяны по разным регионам, но чаще всего встречаются в Кировской области и Пермском крае — территории бывшей Вятской губернии, где диалектная лексика и прозвищные фамилии на -ахин особенно характерны.