Фамилия Жупан — редкий пример, когда прозвище, лёгшее в основу, имеет сразу несколько совершенно разных значений, и каждое по-своему убедительно. Самая очевидная версия отталкивается от диалектного слова «жупан» — так называли простой крестьянский кафтан. Скорее всего, прозвище было профессиональным и указывало на портного, который такие кафтаны шил. На Украине жупаном называют тёплую верхнюю одежду, поэтому обладатель прозвища мог быть продавцом одежды или просто человеком, который любил тепло одеваться.

Менее известное, но не менее реальное значение слова «жупан» — подземная труба для впуска воздуха в юрту или кибитку во время топки. Отсюда возникает версия, что основатель рода мог быть печником или мастером по устройству отопления. Версия редкая, но для Сибири или южных регионов, где такие постройки были распространены, вполне правдоподобная.

Наконец, есть гипотеза, уводящая нас к южным славянам. Жупаном называли правителя жупанства — округа или области у хорватов, сербов, словенцев. В этом случае фамилия могла указывать на знатное происхождение или на то, что предок служил у такого правителя. Однако для русских земель эта версия менее вероятна, чем бытовая, связанная с одеждой или ремеслом.

Словообразовательная модель проста: прозвище Жупан перешло в фамилию без изменений, без типичных русских суффиксов -ов, -ин, -ский. Такое оформление (чистая основа) характерно для украинских, белорусских и польских фамилий, что косвенно указывает на западнорусское или малороссийское происхождение рода. В официальных документах XIX века форма «Жупан» могла закрепиться именно в таком виде, без дополнительных окончаний.