Фамилия Жусин — редкий пример, где суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. Модель «Жус- + -ин» говорит о том, что в основе лежит прозвище или мирское имя Жуся, а сама фамилия закрепилась в семьях, где главу рода называли именно так. Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно присоединялся к основам на -а/-я (Жуся → Жусин), в отличие от -ов для основ на твёрдый согласный. Это сразу отсекает версию о происхождении от прозвища Жус — скорее всего, исходное имя было именно Жуся.

Корень жус- не имеет очевидных славянских параллелей. В русских говорах слово «жуса» не фиксируется как нарицательное, поэтому логичнее искать в тюркских языках. По-казахски и по-татарски «жус» (йос) может означать «обычай», «образ жизни» или «обряд». В этом случае Жуся — прозвище человека, строго соблюдающего традиции, либо того, кто славился знанием ритуалов. Вторая версия связывает корень с «жуса» — «светлый», «блестящий» (ср. казахское «жусан» — полынь, буквально «светлая трава»). Тогда прозвище могли дать за светлые волосы или белый цвет лица.

География фамилии неширокая. Основные очаги — Татарстан, Башкортостан и Оренбургская область, что подтверждает тюркскую этимологию. Встречается также у касимовских татар. Русских носителей Жусиных практически нет — это косвенно указывает на булгаро-татарские корни рода, а не на случайное заимствование прозвища из диалекта.

С точки зрения социальной истории, фамилия могла закрепиться за крестьянами или служилыми татарами в XVI–XVII веках, когда происходил массовый переход от личных имён к родовым. Никакой связи с дворянством или известными историческими персонами у Жусиных не прослеживается — это фамилия, которая «помнит» только прозвище предка, а не его титул или ремесло.