Фамилия Жустеев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с тюркским языковым миром. В её центре лежит слово «жусте» или «жюсте». В казахском и некоторых других тюркских языках «жүсте» означает «сильный», «могучий», «крепкий». Человек, получивший такое прозвище, вероятно, выделялся физической силой или твёрдым характером. Альтернативная, но менее убедительная версия возводит фамилию к глаголу «жустить» (в диалектах — «бить», «стегать»), что могло указывать на резкого или драчливого человека. Однако тюркская этимология выглядит предпочтительнее: она объясняет и нехарактерное для русских говоров сочетание звуков, и саму структуру корня.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Жустеев, то есть сын или потомок Жустея. Такой суффикс присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или -й, что и произошло: прозвище Жустей (или Жусте) превратилось в фамилию. Форма без уменьшительного суффикса (не Жустенко, не Жустиков) говорит о том, что прозвище закрепилось за родоначальником в прямом, неласкательном виде.

Географически фамилия тяготеет к южным и восточным регионам России, особенно к Оренбуржью, Поволжью и Зауралью — зонам активных контактов русских с тюркскими народами. В XIX веке носители фамилии встречались среди казаков Оренбургского войска и государственных крестьян. Сословно это были не дворяне, а люди служилые или сельские: казаки, крестьяне, ремесленники. Дворянских родов Жустеевых в Российской империи не зафиксировано, что подтверждает «простонародное» происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Жустин, Жустов — показывает, что Жустеев стоит особняком: в ней нет латинского корня (как в Жустине от Justus) и нет славянской основы «жуст» (как в диалектном «жусткий» — жёсткий). Это дополнительный аргумент в пользу тюркского заимствования. Так что предки современных Жустеевых, скорее всего, были людьми крепкого сложения или твёрдого нрава, жившими на границе степей и лесов, где русские и тюркские культуры переплетались веками.