Фамилия Зикиряходжаев — наглядный образец того, как исламская культурная традиция и русская словообразовательная модель скрестились в Средней Азии в XIX–XX веках. Её не встретишь в коренных русских списках, зато она хорошо известна в Узбекистане, Таджикистане и среди выходцев оттуда.

Строение фамилии прозрачное. Основа — сложное арабско-персидское имя Зикиряходжа (варианты: Зикриходжа, Зикруллоходжа). Первая часть, Зикир (или Зикр), восходит к арабскому «зикр» — поминание, восхваление Аллаха; в суфизме это ритуальное повторение имён Бога. Вторая часть, Ходжа, — персидский титул, означающий господина, наставника, а в Средней Азии — потомка пророка Мухаммеда или просто уважаемого человека, часто из духовного сословия. Таким образом, Зикиряходжа — это «ходжа, который совершает зикр» или «ходжа поминания». Имя указывало на религиозную учёность и принадлежность к почитаемой группе.

Фамилию образовали по русскому образцу: к имени отца (Зикиряходжа) добавили суффикс -ев, который в тюркских и персидских заимствованиях присоединяется к основам на согласный. Получилось Зикиряходжаев — «сын Зикиряходжи». Такая модель типична для фамилий народов Средней Азии, вошедших в состав Российской империи: фамилии на -ов/-ев массово давали или брали при переписях и паспортизации в конце XIX — начале XX века.

Носители фамилии, скорее всего, происходят из семей потомственных духовных лиц или ремесленников, связанных с мечетью. Само имя Зикиряходжа не было широко распространённым — оно встречается реже, чем, например, просто Ходжаев или Зикруллаев. Поэтому фамилия Зикиряходжаев остаётся довольно редкой и географически локализованной: чаще всего её корни ведут в Ферганскую долину и прилегающие районы Узбекистана.

С точки зрения словообразования интересно, что внутри фамилии сохранился древний арабский корень «з-к-р», который дал в русском языке заимствования вроде «зикр» и «закят» (через разные огласовки). Но в самой фамилии этот корень не переосмыслялся — он остался частью личного имени, которое стало фамильным.