Фамилия Зилакова — женская форма, а её мужской вариант — Зилаков. В русской традиции такие фамилии обычно заканчиваются на -ов, -ев или -ин, но здесь мы видим суффикс -ак, который встречается реже и указывает на иное происхождение.

Основа фамилии — «Зилак». Скорее всего, это прозвище или имя, образованное от слова «зила» — в некоторых тюркских языках (например, в башкирском, татарском) «зила» означает «сильный», «крепкий», «могучий». Суффикс -ак характерен для тюркских языков и часто придаёт уменьшительно-ласкательное или принадлежностное значение. То есть «Зилак» — это «силач», «крепкий человек» или «сын сильного». В этом случае фамилия Зилакова имеет тюркские корни и могла возникнуть у народов Поволжья, Урала или Сибири, где такие прозвища были распространены.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с русским диалектным словом «зила» (или «зило») — в некоторых говорах так называли злого, сердитого человека. Но тюркская этимология выглядит убедительнее, учитывая суффикс -ак, который в русских фамилиях почти не встречается, а в тюркских — обычен.

Географически фамилия Зилакова встречается в основном на юге России, в Поволжье и на Северном Кавказе, что подтверждает её тюркское происхождение. Предки носителей этой фамилии могли быть скотоводами, воинами или просто людьми, получившими прозвище за физическую силу. В документах фамилия фиксируется с XIX века, но, вероятно, она старше. В отличие от многих русских фамилий, образованных от канонических имён, Зилакова стоит особняком — её основа не имеет аналогов в святцах, что делает её уникальной и прямо указывает на прозвищное, а не церковное происхождение.