Фамилия Зилаков — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ов, указывающего на принадлежность к отцу (чей? — Зилаков), но есть суффикс -ак-, который в русских фамилиях часто служит для образования прозвищ от глаголов или прилагательных. Основа «Зил-» может восходить к нескольким корням, и здесь стоит разобрать две основные версии.

Первая и наиболее вероятная — связь с тюркскими языками. В татарском, башкирском и других тюркских наречиях слово «зил» или «зила» имеет значение «ум», «память», «разум». Суффикс -ак в тюркских заимствованиях в русском языке мог придавать значение «носитель признака»: Зилак — «умный», «рассудительный». Такая модель образования прозвищ характерна для южнорусских и поволжских регионов, где активно смешивались славянские и тюркские элементы. Фамилия Зилаков могла возникнуть в среде крещёных татар или в русских селениях, соседствующих с тюркскими народами.

Вторая версия — от прозвища, связанного с глаголом «зилить» (в диалектах — «гнать», «спешить», «сильно желать»). В этом случае Зилак — человек торопливый, нетерпеливый или азартный. Однако эта версия слабее: глагол редкий, а фамилия Зилаков зафиксирована в основном в районах с сильным тюркским влиянием (например, в Оренбургской области и Башкортостане), что склоняет к первой гипотезе.

Суффикс -ов в фамилии указывает на то, что предка звали Зилак (прозвище или неканоническое имя), а его сыновья получили фамилию по отцу. В официальных документах XIX века такая фамилия могла встречаться у государственных крестьян или казаков — сословий, где прозвища нередко закреплялись как родовые имена. Сейчас Зилаковы — немногочисленная фамилия, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких смежных родов, сохранивших память о тюркском корне в основе.