Фамилия Зимеркин — один из тех случаев, когда еврейская основа «маскируется» под русскую модель словообразования. На слух она воспринимается как типичная русская фамилия с суффиксом -ин, но корень здесь не славянский, а идишский или немецкий. Основа — Зимерк- (в диалектах ашкеназских евреев) или Зимер, что восходит к личному имени Зима, Зиммель — уменьшительной форме от Шимон (Симон). В восточноевропейском идише имя Шимон часто давали в бытовой форме Зима, а суффикс -ер-/-к- добавляли для образования прозвища или фамилии.

Однако есть и другая, более прозаическая версия. В немецком языке «Simmer» или «Zimmer» означает «комната», а «Zimmerer» — плотник. Если предок Зимеркиных занимался столярным или строительным ремеслом, его могли называть «зимер» (плотник) или «зимерман». Фамилия Зимеркин тогда — это «сын плотника» или «потомок того, кто работал с деревом». Суффикс -кин в таком случае — типично русский патронимический суффикс, который еврейские семьи активно заимствовали при получении фамилий в Российской империи в XIX веке.

Интересна география. Фамилия Зимеркин — редкая, встречается в основном на территории бывшей черты оседлости: в Беларуси, на Украине, в Литве. В дореволюционных переписях её фиксировали в Витебской, Минской и Могилёвской губерниях. Это указывает на то, что носители фамилии были частью еврейского населения, которое при переходе к обязательным фамилиям (после указа 1804 года) взяло себе прозвище, образованное от имени или занятия, и «обрусело» его окончанием.

Словообразовательная модель здесь нестандартна: двойной суффикс -ер- + -к- + -ин. Это характерно для еврейских фамилий, которые адаптировали русскую флексию, но сохраняли немецко-идишскую основу. Если бы фамилия была чисто русской, она скорее звучала бы как Зимин (от Зима) или Зимов (от зимний). Зимеркин же — гибрид, где корень и суффиксы выдают миграцию языка и культуры.

В итоге, предки Зимеркиных — скорее всего, еврейские ремесленники (плотники) или люди, носившие имя Зима (Шимон), которые в XIX веке получили фамилию на русский манер. Фамилия редкая, и её носители, вероятно, происходят из одной или нескольких соседних деревень на западе Российской империи.