Фамилия Зинишина — женская форма фамилии Зинишин, которая образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Зинишин — «сын Зиниши» или «человек из семьи Зиниши». Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Зиниша.

Корень здесь — Зин-, который восходит к краткой форме канонического имени Зиновий (от греческого Зенобиос — «жизнь Зевса» или «богоданная жизнь»). В русской народной традиции полные имена часто сокращали: Зиновий становился Зиной, а от него с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -иш- образовывали форму Зиниша. Суффикс -иш- в данном случае не носит увеличительного или пренебрежительного оттенка (как, например, в слове «домище»), а скорее выполняет роль фамильярно-ласкательного, характерного для северных и центральных говоров. Такие имена-прозвища в XVI–XVII веках часто становились основой для фамилий.

Географически фамилия Зинишин (и её женская форма) встречается преимущественно в регионах, где были сильны традиции «именных» фамилий на -ин: Поволжье, Центральная Россия, отчасти Урал. Редкость фамилии говорит о том, что её носители, скорее всего, происходят из одного локального гнезда — семьи, где прозвище Зиниша закрепилось за конкретным родом.

Интересная деталь: несмотря на прозрачную этимологию, фамилия Зинишина не фиксируется в массовых дореволюционных справочниках (например, в «Списках населённых мест» или «Памятных книжках» губерний), что указывает на её позднюю письменную фиксацию — вероятно, уже в советское время, при паспортизации. В отличие от фамилий Зиновьев или Зинченко, распространённых повсеместно, Зинишина осталась узколокальной. Это значит, что поиск предков стоит начинать с конкретного села или деревни, а не с региона в целом.