Фамилия Зиновагин — редкий случай, когда основа не бросается в глаза, а суффикс подсказывает путь к разгадке. Модель образования здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а значит, в основе лежит личное имя или прозвище предка. Вопрос в том, что это за основа — Зиновага.

Первое, что приходит на ум, — вариант имени Зиновий. В русской народной традиции полные церковные формы часто сокращали и переделывали: Зиновий превращался в Зину, Зиня, а иногда и в Зиновагу. Суффикс -ага в таких прозвищах (сравните: Миловаг, Жданага) придавал оттенок просторечия или ласкательности, но мог и просто служить для «обрусения» греческого имени. Если так, то Зиновагин означает «сын Зиноваги», то есть потомок человека по имени Зиновий.

Вторая версия, менее очевидная, но возможная, — прозвище от глагольной основы. В некоторых говорах «зиновать» могло означать «зимовать» или «проводить зиму в определённом месте». Тогда Зиновага — это человек, который где-то зимовал, возможно, пришлый или временный житель. Однако эта гипотеза слабее: глагол «зимовать» в русском языке устойчив, и форма «зиновать» — редкий диалектизм, который не зафиксирован в основных ономастических источниках.

География фамилии тоже подсказывает. Зиновагины встречаются в основном в центральных и южных регионах России (Воронежская, Тамбовская, Ростовская области), где имя Зиновий было распространено. Встречается и написание Зиновягин — с «я» вместо «а», что может быть следствием акающего произношения или местного говора.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что фамилия Зиновагин восходит к имени Зиновий через народную форму Зиновага. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, которых в документах записывали по имени отца: «Иван Зиновагин сын» — то есть Иван, сын Зиноваги.