Фамилия Зиновагина — редкая и с трудом поддающаяся однозначной расшифровке. Её женская форма указывает, что мужской вариант — Зиновагин. В основе лежит прозвище или мирское имя, которое, скорее всего, звучало как Зиновага. Разбор по составу даёт ключ к пониманию: корень «Зин-» и вторая часть «-овага». Первая часть восходит к краткой форме канонического имени Зиновий (от греческого «Зенобиос» — «живущий богоугодно»). В древнерусском быту имя Зиновий часто сокращали до Зиня или Зина, и от этих форм образовывали множество фамилий (Зинкин, Зиновьев). Однако здесь мы видим не стандартный суффикс принадлежности (-ов/-ев), а более сложную конструкцию.

Вторая часть, «-овага», заставляет искать аналогии в диалектной лексике. В русских говорах слово «вага» имело несколько значений: вес, тяжесть, рычаг, а также — в переносном смысле — важность, значение. В сочетании «Зиновага» могло означать «Зиня-важный» или «Зиня-тяжеловес» (по характеру или физической силе). Не исключено, что это прозвище дали человеку по имени Зиновий, который отличался степенностью или грузностью. В пользу версии с прозвищем говорит и суффикс -ин в финале фамилии: он указывает на принадлежность («чей?» — сын Зиноваги). То есть Зиновагин — это «сын того, кого прозвали Зиновагой».

Географически фамилия почти не встречается в центральных областях России. Единичные носители зафиксированы в Поволжье и на Урале, где были сильны традиции неканонических прозвищ. В официальных ревизских сказках XVIII–XIX веков такая фамилия не обнаружена, что говорит о её позднем закреплении или о крайней малочисленности рода. Возможно, первоначальное написание было иным — Зинявагин или Зиновогин, и со временем оно исказилось из-за «акающего» произношения.

Альтернативная, но менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «зин» (узор, украшение) и «вага» (время, пора) — такое объяснение выглядит искусственным и не находит подтверждения в русской ономастике. Правдоподобнее, что перед нами пример народного словообразования, где крестьянское прозвище «склеилось» из имени и диалектного слова, а потом оформилось в фамилию по стандартной модели. Носители фамилии Зиновагина могут с большой долей уверенности считать своим предком человека по имени Зиновий, получившего в своей среде меткое бытовое прозвище.