Фамилия Зинютин — редкий пример, где суффиксальная часть говорит едва ли не больше основы. В ней не привычные -ов или -ин, а -ютин. Такая модель встречается в основном в северных и центральных говорах, где от имени или прозвища на -юта (Зиня → Зинюта) образовывали притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, который затем стянулся в -ютин. То есть Зинютин буквально значит «сын Зинюты» или «человек из рода Зинюты».

Основа Зин- — это усечённая форма от крестильного имени Зиновий (греч. «живущий по-божески»). В быту Зиновия звали Зиня, и от этой ласкательной формы пошли десятки фамилий: Зинин, Зинков, Зиньковский. Но Зинютин стоит особняком. Суффикс -юта в русских говорах придавал имени оттенок ласки или, реже, иронии: Зинюта — это «маленький Зиня» или «Зиня, которого жалеют». Так могли назвать младшего сына в семье, подростка или парня с мягким характером.

Географически фамилия привязана к северо-востоку европейской России. По данным переписей XIX — начала XX века, Зинютины встречались в основном в Вологодской и Костромской губерниях, реже — в Пермской. Это зона, где фамилии на -ютин вообще не редкость: ср. Лепютин, Костютин, Васютин. Здесь же, вероятно, сложилось и прозвище Зиня, от которого пошёл Зинюта.

Социальный состав носителей был преимущественно крестьянским. В метрических книгах Зинютины значатся как государственные крестьяне, реже — как мещане уездных городов. Ни дворянских корней, ни привязки к известным родам у фамилии нет — это чисто народная, «отческая» модель, где личное имя отца закрепилось за потомками без изменений.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Зинютина пытаются вывести из диалектного глагола «зинуть» (разинуть рот, зевать), но это натяжка: суффикс -юта для глагольных прозвищ нетипичен, а фамилии от глаголов образуются иначе (Зевакин, Зевунов). Куда логичнее держаться имени Зиновий и его просторечной ветки.