Фамилия Зинюхин образована от имени Зиновий. Это имя пришло из древнегреческого языка: слово «Зиновий» (Ζηνόβιος) состоит из двух частей — «Зевс» (в родительном падеже «Зенос») и «биос», что означает «жизнь». В итоге имя трактуют как «богоугодно живущий» или «живущий по воле Зевса». Однако в быту, в повседневном общении, полное имя Зиновий сокращали и переделывали на русский лад. Так появилась народная форма — Зинюха. Именно она и легла в основу фамилии.

Модель образования здесь типичная для русских фамилий: к основе Зинюх- добавили суффикс -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Зинюхин буквально означал «чей?» — сын Зинюхи, потомок человека по имени Зинюха. Со временем это притяжательное прилагательное закрепилось как фамилия.

Особенность фамилии в том, что она сохранила редкий разговорный вариант имени. В русской ономастике есть и другие фамилии от того же корня: Зиновьев (от полной формы), Зинов, Зиняков. Но Зинюхин стоит особняком — суффикс -юх- в основе встречается нечасто и придаёт фамилии оттенок простонародного, деревенского происхождения. Скорее всего, предки носителя этой фамилии были крестьянами или посадскими людьми: в среде духовенства и дворянства предпочитали полное имя Зиновий, а уменьшительные формы бытовали в низших сословиях.

Географически фамилия Зинюхин встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. Это тоже подтверждает её крестьянские корни: именно в чернозёмной полосе было распространено имя Зиновий в народных вариантах.