Фамилия Зинюхины — довольно редкий пример того, как полное церковное имя превратилось в фамилию через неочевидную народную форму. В её основе лежит имя Зиновий, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Древнегреческое слово «Зиновий» (Ζηνόβιος) состоит из двух частей: «Зевс» (в родительном падеже — «Зинос») и «биос» — «жизнь». В буквальном переводе это означало «живущий богоугодно» или «жизнь, посвящённая Богу», хотя в народном сознании связь с античным Зевсом быстро стёрлась, уступив место чисто христианскому прочтению.

Фамилию образовали не напрямую от Зиновия, а от его разговорного варианта — Зинюха. Это типичная для русских говоров модель: усечение имени до первого слога или корня и добавление суффикса -юх(а), который придавал слову оттенок фамильярности или ласки (сравните: Ванюха от Иван, Полюха от Аполлинария). Суффикс -ин в финале указывает на принадлежность: «чей?» — Зинюхин, то есть сын или потомок Зинюхи. Именно такая цепочка — от канонического имени через обиходное прозвище к фамилии — характерна для крестьянской и мещанской среды, где полные имена в быту почти не использовались.

Любопытно, что фамилия Зинюхины встречается в двух устойчивых написаниях: через «и» (Зинюхин) и, реже, через «ы» (Зинюхын). Второй вариант — следствие северных или сибирских говоров, где «и» после шипящих и твёрдых согласных произносили как «ы». Это позволяет примерно очертить ареал бытования: фамилия чаще всего фиксируется в Вятской, Пермской и Вологодской губерниях, а также в Сибири, куда переселенцы унесли свой говор. В центральных областях, где аканье и иканье сильнее, написание «Зинюхин» закрепилось как единственно верное.

О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и если знать или купечество получили фамилии к XVII–XVIII векам, то крестьяне — только после отмены крепостного права в 1861 году. Зинюхины, судя по географии и способу образования, скорее всего, относятся к позднему слою — к фамилиям бывших государственных или помещичьих крестьян. Никаких сведений о дворянских корнях или знатных носителях этой фамилии нет, что только подтверждает её простонародное происхождение.