Основой фамилии Зисина послужило имя Зиса. Фамилия Зисина ведет свое начало от еврейского женского имени Зиса (Zise), которое в переводе на русский язык как «сладость». Матронимические фамилии (образованные от имени матери или жены) у евреев встречаются гораздо чаще, чем у других народов.