Фамилия Зисина — матронимическая, то есть образована от женского имени. В основе лежит еврейское имя Зиса (Zise), которое переводится как «сладость». Такие фамилии, происходящие от имени матери или жены, у евреев встречаются гораздо чаще, чем у других народов, и это одна из характерных черт еврейской ономастики.

Словообразовательная модель здесь проста: к основе Зис- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Зисин). Фамилия Зисина — это женская форма; мужская, соответственно, Зисин. Такое окончание типично для русских фамилий, но в данном случае оно наложилось на иноязычную основу, что часто происходило при адаптации еврейских фамилий в славянской среде.

Матронимические фамилии у евреев могли возникать в ситуациях, когда мать играла ключевую роль в семье (например, была единственной кормилицей или происходила из более уважаемого рода), либо когда отец был неизвестен. Имя Зиса в идише и ашкеназской традиции было нередким, поэтому фамилия могла появиться в разных местах черты оседлости независимо друг от друга.

Географически фамилия Зисина чаще всего встречается среди еврейских общин Восточной Европы — на территории современной Украины, Беларуси, Молдовы и Польши. В России она тоже бытует, но значительно реже. Вариантов написания немного: иногда встречается Зисин (мужская форма) или, реже, Зисс.

Спорных версий происхождения у этой фамилии почти нет: корень прозрачный, а альтернативные гипотезы (например, от славянского прозвища «Зиса» или от греческого имени) не имеют подтверждения в источниках. Поэтому основной и наиболее правдоподобной остаётся версия от еврейского женского имени со значением «сладость».