Фамилия Зохонова — женская форма фамилии Зохонов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он даёт ключ к происхождению. Фамилия образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Зохонов, то есть сын или потомок Зохона). Вопрос в том, что такое «Зохон».

Самая вероятная версия связывает основу с именем или прозвищем Зохон, которое могло быть производной формой от крестильного имени Зосима (в просторечии — Зосим, Зося). В русской народной традиции имена часто укорачивали и добавляли суффиксы -ох(а), -он(я): от Зосим — Зосимон, Зохон. В таком случае фамилия Зохонов — это «сын Зохона», а сам Зохон — человек, носивший имя Зосима, популярное в среде крестьян и духовенства (святой Зосима Соловецкий — один из основателей Соловецкого монастыря).

Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь со словом «зохнуть» (диалектное — сохнуть, чахнуть). Прозвище Зохон могли дать человеку худому, болезненному или, наоборот, в качестве охранительного имени, чтобы «отвести» хворь. Однако эта версия менее надёжна, так как фамилии от подобных глагольных основ редко встречаются в форме на -он, чаще — на -ун (Зохун — Зохунов).

Географически фамилия Зохонов (и Зохонова) встречается в основном в регионах русского Севера, Поволжья и Сибири, куда переселялись крестьяне из центральных губерний. Это указывает на крестьянское или мещанское происхождение: фамилии на -ов в этих сословиях закреплялись в XVIII–XIX веках. В дворянских родословных Зохоновы не значатся — это фамилия простых людей, чей предок, скорее всего, был Зосимой по имени или имел характерное прозвище.

Таким образом, носительница фамилии Зохонова может считать, что её предки по мужской линии носили имя Зосима или прозвище, связанное с внешностью, а сама фамилия — типичный пример русской отчества-патронима, застывшего в документах XIX века.