Фамилия Зобонова — женская форма фамилии Зобонов, и её разговорное или диалектное происхождение сразу бросается в глаза. В отличие от более распространённых моделей на -ов/-ев, здесь мы видим суффикс -он-, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на прозвищную основу, прошедшую через уменьшительную или уничижительную форму. Скорее всего, в основе лежит слово «зоб» — в старину так называли не только птичий зоб, но и болезненное увеличение щитовидной железы у человека (зобную болезнь), а также, в переносном смысле, — толстую шею или отвислый подбородок. Человек с такой внешней приметой мог получить прозвище Зобон, то есть «обладатель зоба» или «зобатый». Суффикс -он- здесь мог выполнять функцию усиления признака или придавать прозвищу фамильярный оттенок, как в словах «губона» или «лобан».

Менее вероятна, но возможна версия связи с диалектным глаголом «зобонить» — в некоторых говорах это означало «есть жадно, набивать рот» или «ворчать, брюзжать». Тогда Зобонов — сын того, кто отличался прожорливостью или сварливым нравом. Однако первая версия, с внешним признаком, надёжнее: прозвища по физическим особенностям давали чаще, чем по манере поведения, и они легче закреплялись в фамилиях без дополнительных суффиксов.

Географически фамилия Зобонов (и Зобонова) тяготеет к северным и центральным областям России — в переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с такой фамилией в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях. В тех краях зобная болезнь из-за недостатка йода была распространена, так что прозвище могло быть не единичным, а типовым для целой местности.

С точки зрения сословной принадлежности, Зобоновы — почти наверняка крестьянский или мещанский род. Фамилии, образованные от прозвищ с «телесными» корнями, редко встречались у дворянства, которое предпочитало более благозвучные или книжные основы. Суффикс -ин, а не -ов, здесь не появился, потому что основа кончается на твёрдый согласный «н»: Зобон — Зобонов, а не Зобонин. Это стандартная модель, и она же даёт подсказку: если бы предка звали просто Зоб, фамилия была бы Зобов, но дополнительный слог «-он» говорит о том, что прозвище было именно развёрнутым, с эмоциональной окраской.

В написании «Зобонова» обращает на себя внимание ударение: в большинстве говоров оно падает на второй слог — Зобо́нова, хотя в некоторых регионах могли ставить на первый. Это не меняет этимологии, но может указывать на конкретную локальную традицию произношения. В целом, фамилия редкая, не попавшая в массовые списки, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл, где прозвище закрепилось за целой ветвью.