Фамилия Зоотагин — редкая и необычная по звучанию. Её основа, скорее всего, не связана с русским языком напрямую, а указывает на тюркские или арабо-персидские корни. Самое вероятное объяснение — происхождение от прозвища или имени Зоотаги. В тюркских языках (например, в татарском, башкирском, казахском) компонент «ота» или «ата» означает «отец», а «зоо» может быть искажённым или диалектным вариантом слова «зо» — «сила», «крепкий». Таким образом, Зоотагин могло значить «сын сильного отца» или «сын того, кого звали Зоотаг». Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Зоотагин.

Второй, менее вероятный, но возможный вариант — связь с арабским словом «зу» (обладатель) и «тагин» (от «таг» — гора, возвышенность). В таком случае прозвище могло означать «горный житель» или «обладатель горы». Однако эта версия слабее, так как сочетание «зу» в русских фамилиях почти не встречается, а суффикс -ин нехарактерен для арабских заимствований напрямую.

Фамилия явно недворянская и не относится к числу распространённых. Её носители, вероятно, происходят из среды татарских или башкирских крестьян или служилых людей, которые после принятия православия получали фамилии по имени отца или деда. Географически Зоотагины могли встречаться в Поволжье, Приуралье или в южных губерниях России, где было сильно тюркское население. В документах XIX века фамилия не фиксируется, что подтверждает её редкость и, возможно, позднее оформление — уже в советское время, когда многие фамилии записывали по произношению, а не по правилам.