Фамилия Зубенкова — женская форма от Зубенков, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель образования здесь не самая частая: основа «Зубен» плюс типичный патронимический суффикс -ов. Но в отличие от простых Зубовых или Зубаревых, в основе лежит не прямое прозвище «Зуб», а уменьшительно-ласкательное «Зубенок» или «Зубень» — так в старых русских говорах могли называть маленького, острого на язык человека или ребёнка с крупными передними зубами. Суффикс -енок в прозвищах часто указывал на молодость или принадлежность к младшему поколению: Зубенок — буквально «сын или потомок Зуба».

С географической точки зрения фамилия Зубенков (и её формы) тяготеет к южнорусским и украинским регионам. В документах XVII–XVIII веков встречаются Зубенки — крестьяне и казаки на Слобожанщине и в Черниговской губернии. Именно оттуда, вероятно, и пошла фамилия: сначала как отчество по имени отца — Зубенков сын, то есть «сын Зубенка». Позже, при закреплении фамилии за родом, окончание -ов застыло, и Зубенков стал родовым именем.

Менее правдоподобная, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «зубенка» — так в некоторых областях называли зазубрину, зарубку или даже небольшой деревянный крюк. Тогда прозвище могло относиться к плотнику или столяру, работавшему с зарубками, но эта гипотеза слабее: прозвища с суффиксом -енок от названий инструментов встречаются редко, а антропонимическая модель «от отца» для этой фамилии выглядит естественнее.

В отличие от фамилий Зубов или Зубарев, где основа ясна и однозначна, Зубенков хранит в себе оттенок уменьшительности — предка, скорее всего, звали не просто Зуб, а именно Зубенок, и это прозвище могло быть как насмешливым («зубастик»), так и ласковым, семейным. В современных носителях фамилии это старинное различие уже стёрлось, но оно даёт понять, что родоначальник был человеком заметным — хотя бы по части улыбки.