Фамилия Зубенков — яркий пример того, как в русской фамилии смешались прозвищная основа и суффиксальная игра. В её центре лежит слово «зуб», но не в прямом анатомическом смысле, а как меткое прозвище. В старину Зубом или Зубком могли назвать человека с крепкими, редкими или, наоборот, щербатыми зубами, а также того, кто был острым на язык, въедливым или упрямым. Прозвища по зубам были распространены повсеместно — от них пошли и Зубовы, и Зубковы, и Зубаревы.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна. Основа «Зубенк-» состоит из корня «зуб» и уменьшительно-ласкательного суффикса «-енк-», который в восточнославянских языках (особенно украинском и белорусском) часто встречается в прозвищах и именах: Зубенко, Коваленко, Петренко. Однако фамилия Зубенков оформлена русским патронимическим суффиксом «-ов», что указывает на адаптацию исходной украинской или южнорусской формы «Зубенко» под русскую модель. Иными словами, предок носителя фамилии мог быть Зубенко (сын или потомок человека по прозвищу Зубок), а его потомки, попав в среду русского делопроизводства, получили фамилию Зубенков — «чей?» — «Зубенков».

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. В курских, воронежских, ростовских говорах слово «зубенка» могло означать небольшую зазубрину или костяной крючок, что добавляет ещё одну возможную версию: прозвище могли дать мастеру, делавшему гребни или костяные изделия. Но основная версия — это всё же прозвище по внешности или характеру.

В сословном отношении Зубенковы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами. Фамилия не встречается среди старинных дворянских родов, а её распространение в документах XVIII–XIX веков — это в основном ревизские сказки и метрические книги сельских приходов чернозёмной полосы. Примечательно, что фамилия не ушла в народную этимологию — её носители редко переосмысливали её как «зубной врач» или «зубодёр», что говорит о сохранении прозвищного смысла в семейной памяти.