Фамилия Зубенины (в мужском варианте — Зубенин) образована от личного прозвища Зубеня. Это типичная для русского языка модель: основа на -а смягчается, а суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Зубени). Такой способ словообразования был особенно распространён в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин часто вытесняли более южные варианты на -ов.

Прозвище Зубеня, скорее всего, связано с характерной внешней чертой — крупными, редкими или кривыми зубами. В народной культуре зубы часто наделялись магическими свойствами: считалось, что обладатель «особенных» зубов может быть колдуном или знахарем. Однако эта версия менее вероятна: в основе фамилии чаще лежит бытовая наблюдательность, а не мистика. Не исключено, что прозвище могло относиться к мастеру, изготавливающему зубья для граблей или колёс — такое ремесло называли «зубенить» в некоторых говорах.

Фамилия Зубенин фиксируется в документах с XVII века. В переписных книгах Вологодского уезда 1678 года упоминается крестьянин Ивашко Зубенин. Это указывает на то, что фамилия бытовала в среде черносошных крестьян русского Севера, где раньше, чем в других регионах, закрепились наследственные прозвания. В XIX веке носители фамилии встречаются также в Тверской и Костромской губерниях — зонах, где активно шёл процесс закрепощения крестьян, и прозвища переходили в официальные фамилии.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Зубов, Зубарев, Зубихин) показывает, что Зубенин стоит особняком: суффикс -еня характерен для прозвищ с экспрессивной, уменьшительно-ласкательной окраской. Если Зубов — это просто «человек с зубом», то Зубеня — скорее «зубастик», «тот, у кого зубы на виду». Такая форма часто давалась детям или молодым парням, а потом закреплялась за родом.

Точное место и время возникновения фамилии сейчас уже не установить — процесс формирования фамилий в России растянулся на несколько столетий. Но ясно, что прозвище Зубеня возникло не позднее XVI века, а к началу XVIII века фамилия Зубенин уже была наследственной. Сегодня она встречается нечасто, преимущественно в центральных и северных регионах России, что подтверждает её древнюю локальную привязку.