Фамилия Зубеня — яркий пример того, как прозвище, данное по внешней примете, превратилось в родовое имя. В основе лежит слово «зуб». Чаще всего такое прозвище получал человек с крупными, крепкими, красивыми зубами или обладатель широкой, лучезарной улыбки. Однако не стоит исключать и более древний, магический подтекст: в дохристианскую эпоху существовали мирские имена-обереги, и Зуб мог быть одним из них. Считалось, что имя, данное «от противного», защитит ребёнка от злых сил — в данном случае от зубной боли или потери зубов.

Суффикс -еня в фамилии Зубеня — редкий и показательный. Он характерен для западнорусских, белорусских и украинских земель. Если бы фамилия образовалась в центральной или северной Руси, она скорее звучала бы как Зубов (с суффиксом принадлежности -ов). Форма на -еня указывает на патронимическую модель, характерную для говоров, где прозвище отца переходило к детям с уменьшительно-ласкательным или фамильярным оттенком. То есть Зубеня — это буквально «сын или потомок Зуба».

Исторические источники подтверждают, что основа «зуб» была популярна в русском именослове. В трудах С. Б. Веселовского упоминаются: Иван Фёдорович Зубко Плещеев (середина XVI века), князь Григорий Осипович Зубок Засекин и Иван Андреевич Зубок Колычев (начало XVII века). Эти примеры показывают, что прозвище Зуб бытовало даже среди знати, а не только в крестьянской или посадской среде. Фамилия Зубеня, вероятно, закрепилась в тех краях, где суффикс -еня был привычной формой именования, — на стыке современных Беларуси, Смоленщины и Брянщины.

Таким образом, носитель фамилии Зубеня может считать своим предком либо человека с приметной улыбкой, либо того, кто носил древнее имя-оберег. География распространения подсказывает, что корни рода — в западнорусских землях, где язык сохранил эту архаичную модель образования фамилий.