Фамилия Зубенина — женская форма, мужской вариант — Зубенин. В её основе лежит прозвище Зубеня. Словообразовательная модель проста: к основе Зубен- добавили типичный русский притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «сын Зубени» или «из семьи Зубени».

Прозвище Зубеня, скорее всего, не связано напрямую с внешностью или характером — оно уходит корнями в народные представления о зубах как символе возраста, здоровья и жизненного опыта. В русских поговорках «поглядеть кому в зубы» означало узнать возраст, а «мы на этом зубы съели» — приобрести опыт. Поэтому Зубеней могли назвать ребёнка с пожеланием крепкого здоровья и долгой жизни, то есть это было мирское имя-оберег.

Имена и прозвища с корнем «зуб-» встречаются в русской истории очень рано. Историк С. Б. Веселовский в своём труде по ономастике приводит несколько примеров: Иван Фёдорович Зубко Плещеев (середина XVI века), князь Григорий Осипович Зубок Засекин, Иван Андреевич Зубок Колычев (начало XVII века), а также крестьянин Зубака Фёдор Микулин (1564 год, Олонец). Эти записи показывают, что основа была распространена в разных слоях общества — от боярских родов до крестьян.

Фамилия Зубенина образовалась, когда прозвище Зубеня перешло в статус родового имени. Со временем потомки человека, которого звали Зубеней, стали писаться как Зубенины. Регионально фамилия может быть связана с северными и центральными областями России, где такие прозвища фиксировались особенно часто.