Фамилия Зубенина образована от прозвища Зубеня. Однако не исключено, что прозвище Зубеня было связано с народными представлениями. Зубы считались мерилом возраста (например, в русских поговорках: «поглядеть кому в зубы», то есть узнать его возраст, «мы на этом зубы съели», то есть «пожили и приобрели жизненный опыт»). Таким образом, именование Зубеня могло быть мирским именем, которое давалось ребенку с пожеланием здоровья и жизненной силы. Прозвища и имена с основой «зуб-» имеют древние корни. Веселовского названы: Иван Федорович Зубко Плещеев, середина XVI век; князь Григорий Осипович Зубок Засекин; Иван Андреевич Зубок Колычев, начало XVII век; Зубака Федор Микулин, крестьянин, 1564 год, Олонец и другие. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Зубеня, со временем получил фамилию Зубенина.