Фамилия Зубенин — одна из тех, что образованы по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Зубенин — буквально «сын Зубени». В центре фамилии стоит прозвище Зубеня, и его происхождение не так однозначно, как может показаться.

Прямое значение прозвища, казалось бы, лежит на поверхности: человек с крупными, редкими или какими-то приметными зубами. Но народная культура наделяла зубы ещё и символическим смыслом. В славянских представлениях зубы связывали с жизненной силой, здоровьем, а иногда и с магической защитой. Поэтому прозвище Зубеня могло даваться не просто за внешность, а как оберег — чтобы у ребёнка были крепкие зубы, или, наоборот, как ироничное прозвище беззубому младенцу.

Интересна и словообразовательная деталь. Суффикс -еня в прозвище Зубеня (сравните: Гуленя, Тихоня, Слабеня) придаёт основе оттенок ласкательности или, наоборот, некоторой снисходительности. Это не грубое прозвище, а скорее бытовое, домашнее. Такие формы были характерны для северных и центральных русских говоров.

Встречается и версия, что основа фамилии не прозвищная, а топонимическая — от названия деревни Зубенино. Такие селения есть, например, в бывшей Костромской губернии. В этом случае фамилия указывала бы не на черту предка, а на его родину: «Зубенин» — выходец из Зубенина. Однако для фамилий на -ин чаще первичным оказывается личное прозвище, а не географическое название.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Зубов, Зубарев, Зубакин — показывает, что Зубенин стоит особняком. В отличие от Зубова (прямое указание на зубы) или Зубарева (от зуба́рь — мастер или рыбак), форма Зубенин сохранила более архаичную, уменьшительную основу. Это позволяет предположить, что фамилия могла сложиться довольно рано, в XV–XVI веках, когда прозвища с суффиксом -еня были ещё живым явлением.

Так или иначе, фамилия Зубенин — не простая «зубастая» фамилия. За ней стоит либо народное поверье, либо забытая деревня, либо меткое бытовое прозвище, которое через несколько веков стало родовым именем.