Фамилия Зубанков образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе «Зубанк(о)» добавили суффикс принадлежности -ов. Это значит, что предка, от которого пошла фамилия, в документах или в быту записывали как Зубанко или Зубанок. Суффикс -к(о) в основе характерен для украинских и южнорусских фамилий, где он выполнял уменьшительную или прозвищную функцию. Таким образом, Зубанков — это «сын Зубанка» или «потомок человека по прозвищу Зубанок».

Само прозвище Зубанок, скорее всего, связано с зубами. В славянской ономастике корень «зуб-» в прозвищах имел два основных значения. Первое — внешность: человек с крупными, редкими, кривыми или выдающимися зубами. Второе — характер или поведение: «зубастый» в переносном смысле — острый на язык, сварливый, цепкий, умеющий за себя постоять. Форма с суффиксом -ан- (-анк-) в русских говорах нередко усиливала признак: Зубан — тот, у кого зубы особенно заметны или кто особенно «кусач» в споре.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от слова «зубан» как названия инструмента или детали. В некоторых ремёслах так могли называть зубило, долото или гребёнку с частыми зубьями. В этом случае прозвище мог получить мастер, работавший таким инструментом, или человек, имевший дело с зубчатыми деталями (например, бондарь или плотник). Однако эта версия уступает первой по распространённости: подавляющее большинство «зубных» фамилий (Зубов, Зубарев, Зубакин) восходит к внешним или поведенческим чертам.

В исторических документах фамилия встречается в основном в центральных и южных губерниях России, а также среди казачества. В списках однодворцев и крестьян XVII–XVIII веков Зубанковы фиксируются в Тульской, Рязанской и Курской губерниях, что подтверждает её народное, недворянское происхождение. Фамилия не относится к числу аристократических, но и не является редкой — её носители расселены по всей России, особенно в Поволжье и на Урале, куда переселялись крестьяне в XIX веке.