Фамилия Зубаненко образована от прозвища Зубан — так в старину называли человека с примечательными зубами: большими, крепкими или редкими. Слово «зуб» в русских говорах имело много переносных значений, но в основе прозвища лежит именно внешний признак, который бросался в глаза окружающим и закреплялся за человеком как постоянное именование.

Модель образования фамилии — суффикс -енко, типичный для украинской и южнорусской ономастики. В XVII–XVIII веках фамилии на -енко активно формировались на Левобережной Украине, в Слобожанщине и в южных уездах России. Суффикс указывал на принадлежность: «сын Зубана» или «потомок того, кого прозвали Зубаном». В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в документах раньше, -енко долго сохраняло оттенок патронимичности и лишь позже стало наследственным.

Не исключено, что прозвище Зубан могло быть связано не только с внешностью, но и с народными представлениями о силе, упорстве или даже агрессивности — зубы в фольклоре символизировали жизненную стойкость. Однако прямая связь с ремеслом (например, с изготовлением зубьев для борон или гребней) менее вероятна: для таких прозвищ обычно использовали другие словообразовательные модели.

Позже прозвище Зубан, изначально присоединённое к крестильному имени, полностью заменило его в повседневной жизни и официальных документах. Фамилия Зубаненко встречается преимущественно в центральных и южных областях Украины, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в Ставрополье. По сословной принадлежности предки Зубаненко чаще всего были казаками или государственными крестьянами — в этих средах фамилии на -енко были особенно распространены.