Фамилия Зубковський — украинская по форме, но её корни уходят в те же прозвища, что и у русских Зубковых, белорусских Зубко и польских Зубковских. В её основе лежит прозвище Зубок, которое в древности давали по двум главным причинам.

Первая причина — внешняя: человек с большими, крепкими или редкими зубами. В среде, где крепость зубов была делом практическим (особенно у воинов или ремесленников, работающих с твёрдыми материалами), такая деталь быстро становилась опознавательным знаком. Вторая причина — характер: «зубастым» на Руси называли неуживчивого, острого на язык, язвительного человека. В народной речи «зуб» имел значение «насмешник, острослов», поэтому прозвище могло закрепиться за тем, кто умел «показать зубы» в споре.

Украинский суффикс -ський (в русской передаче -ский) указывает на дворянское или шляхетское происхождение: так оформляли фамилии мелкопоместной знати, владевшей землёй. В отличие от русских фамилий на -ов (Зубков), украинские на -ський часто означали не «сын Зубка», а «принадлежащий к роду Зубков» или «выходец из села Зубково». Впрочем, на востоке Украины, где смешивались традиции, Зубковський мог появиться и у казаков, и у мещан — суффикс не всегда гарантирует дворянство, но указывает на более позднюю, книжную фиксацию фамилии.

В польском варианте (Zubkowski) фамилия встречается в документах XVI–XVII веков на землях современной Западной Украины и Беларуси. Интересно, что в некоторых говорах «зубок» обозначал не только зуб, но и молодой росток, побег растения — возможно, прозвище давали человеку, похожему на «зубок» (маленькому, тонкому). Эта версия менее распространена, но имеет право на существование: в ономастике известны случаи, когда прозвища от частей тела переходили на растения (сравните «гвоздик», «листок»).

Сегодня фамилия Зубковський редкая, её носители встречаются в основном в центральных и западных областях Украины. В России и Беларуси она часто заменяется на Зубков или Зубко. При переезде в другие страны написание могло меняться: Zubkowsky, Zubkovskij — но основа остаётся той же.