Фамилия Зубяиров — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а прозвище, связанное с внешностью или, что вероятнее, с повадкой. Корень здесь — «зуб» (или «зубья»), а суффикс «-иров» указывает на тюркское происхождение модели. Скорее всего, перед нами русифицированная форма татарской или башкирской фамилии, образованной от прозвища Зубяир.

Прозвище Зубяир могло быть дано человеку с крупными, редкими или острыми зубами — это самая прямая версия. Но в тюркских языках «зуб» часто метафорически означал «задиру», «цепкого» или «кусачего» человека — того, кто «вцепится» и не отступит. В этом смысле прозвище перекликается с русскими фамилиями вроде Зубарев или Зубакин, но оформлено по иной модели.

Сама модель «-иров» — это адаптация тюркского суффикса принадлежности (обычно «-ир» или «-ер») под русский патронимический суффикс «-ов». То есть Зубяиров буквально означает «сын Зубяира». Встречается такая форма в основном у татар, башкир и других народов Поволжья, которые в XIX — начале XX века получали русские фамилии по отцу.

Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и Татарстану. Встречается и среди казанских татар, и среди мишарей. В дореволюционных метрических книгах можно найти написание «Зубяиров» и реже «Зубьяиров» — с твёрдым знаком на стыке.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: что в основе лежит арабское имя Зубайр (уменьшительное от «сильный», «твердый»), которое через тюркское посредничество дало форму «Зубяир». Тогда фамилия — не от прозвища, а от мусульманского имени, что тоже логично для региона. Но имя Зубайр в быту давало бы скорее форму «Зубаиров», а не «Зубяиров», поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами — не дворяне, но и не крепостные. Фамилия не встречается в родословных книгах русского дворянства, что косвенно подтверждает её «низовое» происхождение.