Фамилия Зуганова — женская форма фамилии Зуганов, и её разговорное звучание — Зуганов — сразу указывает на основу. В русских фамилиях на -ов типично отчество или прозвище отца, но здесь корень «зуган» неочевиден. Скорее всего, перед нами не славянское слово, а тюркское или кавказское имя или прозвище, которое попало в русскую среду через межэтнические контакты.

Самая вероятная версия — связь с тюркским «зуган» (или «джуган»), что в ряде диалектов означает «бедняк» или «сирота». В татарском и башкирском языках есть слово «юган» — «бедный, лишённый», а в казахском «жұған» — «обедневший». Прозвище Зуган могли дать человеку, который потерял имущество или родителей, либо, напротив, в ироничном смысле — тому, кто скуп. Другая гипотеза — от тюркского имени Зуган (вариант Зухан), которое восходит к арабскому «зухд» — «аскетизм, воздержание». В этом случае фамилия — отчество от мусульманского личного имени.

Менее вероятно, но возможно, что корень — от русского диалектного «зуга» (грязь, слякоть) или «зуг» (название растения). Но ударение в фамилии обычно на второй слог — Зугáнов, что типично для тюркских заимствований, а не для исконно русских прозвищ. Географически фамилия Зугановы встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где столетиями жили татары, башкиры и чуваши.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов присоединён к основе Зуган, что по правилам русской грамматики превращает прозвище или имя отца в родовое имя. Носительница фамилии Зуганова может быть потомком татарина, башкира или другого тюркоязычного народа, принявшего православие и русифицировавшего фамилию. Полной уверенности в значении нет, но тюркская версия — самая обоснованная.