Фамилия Зуилин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, «Зуил», не встречается в современных русских именах или нарицательных словах, поэтому разгадку стоит искать в диалектах, иноязычных заимствованиях или искажённых формах других имён.

Самый вероятный путь — от прозвища или имени Зуил, которое могло возникнуть из просторечной формы крестильного имени. В православных святцах есть имя Зуил (Зуил, Zuil), происходящее, вероятно, от древнееврейского со значением «укреплённый Богом» или «твердыня». Это имя было крайне редким, но в крестьянской среде, где полные церковные имена часто сокращали и переделывали, оно могло дать фамилию. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Зуилин, то есть сын, потомок Зуила.

Менее правдоподобна, но возможна версия от диалектного глагола или существительного. В некоторых говорах «зуй» означало «зяблик» или «птенец», а «зулить» — «льстить, подлизываться» или «плакать, хныкать». Прозвище Зуило могли дать капризному или льстивому человеку. Однако фамилия закрепилась именно в форме Зуилин, а не Зуилов, что типично для основ на -а/-я, поэтому версия с личным именем выглядит предпочтительнее.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, встречается в единичных записях. Сословно её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянские роды с такой фамилией не зафиксированы. В дореволюционных справочниках и работах по ономастике, например у Б. Унбегауна, фамилия не упоминается, что подтверждает её редкость и локальный характер.

Таким образом, Зуилин — это фамилия-патроним, образованная от редкого церковного имени Зуил. Носитель такой фамилии мог быть потомком человека, носившего это имя, возможно, записанного в метрической книге как Зуил, а в быту звавшегося Зуилом.