Фамилия Зухер звучит нехарактерно для славянского уха, и это ключ к её происхождению. Она почти наверняка не русская по основе, а немецкая или еврейская (ашкеназская). В русском языке слово «зухер» — несуществующее, а вот в немецком есть глагол suchen (искать) и образованное от него существительное Sucher — «искатель». Фамилия Зухер — это транслитерация немецкой или идишной фамилии Sucher, которая могла возникнуть как профессиональное прозвище сыщика, следователя, разведчика или даже охотника, а также как прозвище дотошного, въедливого человека, который «всё ищет».

Другая, менее вероятная, но возможная версия отсылает к идишскому слову zukher (сахар). В таком случае фамилия могла быть «сладкой» — её давали торговцу сахаром или кондитеру. Однако в немецком языке слово «сахар» звучит как Zucker, и фамилия Цукер (Zucker) встречается гораздо чаще, чем Зухер. Поэтому версия с «искателем» выглядит предпочтительнее: она объясняет и написание, и более редкую встречаемость.

На территорию Российской империи фамилия попала вместе с немецкими колонистами (в Поволжье, под Петербургом, в Причерноморье) или с еврейским населением черты оседлости. В XIX веке при записи в метрические книги немецкое Sucher могли записать на слух как «Зухер», сохранив произношение. Фамилия не получила в России массового распространения и осталась редкой, что подтверждает её иноязычное происхождение — в отличие от фамилий на -ов/-ин, которые образовывались тысячами от русских прозвищ.

Примечательно, что фамилия Зухер не имеет типичного русского суффикса принадлежности. Отсутствие окончания -ов или -ин — сильный маркер того, что перед нами не переделанная на русский лад фамилия, а прямая заимствованная форма. Встречаются и варианты написания — Цухер, Зукер, но именно форма Зухер чаще всего фиксируется у потомков немецких переселенцев.