Фамилия Захер — редкий для России случай, когда немецкая основа сохранилась почти без изменений. В русском языке её не переделывали в Захаров или Захерский, а оставили в первоначальном виде, что указывает на относительно позднее появление — скорее всего, в XVIII–XIX веках, в период активного притока немецких колонистов и специалистов.

Корень восходит к немецкому глаголу suchen — «искать», «разыскивать». От него образовано существительное Sucher — «искатель», «сыщик». Фамилия Захер — это, по сути, прозвище человека, чья работа была связана с поиском: сыщика, дознавателя, охотника за беглыми крестьянами или даже старателя, ищущего руду. В южнонемецких диалектах, где твёрдый звук «s» часто переходит в «z», форма Zacher была особенно распространена.

Второй, менее очевидный вариант — происхождение от древневерхненемецкого sahha («тяжба», «спор»). Тогда Захер — это «тяжущийся», «спорщик», человек, склонный к судебным разбирательствам. Но эта версия уступает первой в распространённости: фамилии от названий профессий встречаются в немецкой ономастике гораздо чаще, чем от абстрактных понятий.

Географически фамилия Захер чаще всего встречается в Австрии, Баварии и Саксонии. В Россию её могли привезти либо немецкие колонисты, осевшие в Поволжье, либо специалисты, приглашённые в Петербург или Москву. Поэтому в русских архивах Захеры встречаются в двух ипостасях: крестьяне-колонисты и городские жители — ремесленники, врачи, чиновники. Социальный спектр широк, что типично для фамилий, образованных от профессии: сыщик мог быть как мелким служителем, так и важным чиновником.

У фамилии нет «славянского» суффикса — -ов, -ин или -ский, который бы подсказал, когда именно она попала в русский язык. Отсутствие такого суффикса — верный признак того, что носитель или его ближайшие предки сохраняли немецкое самосознание и язык. В русских документах фамилию могли записывать двояко: Захер и Цахер, в зависимости от того, как произносил её сам человек и как слышал писарь.