Фамилия Зульхарнеев — яркий пример того, как арабское имя, пройдя через тюркскую языковую среду, закрепилось в русской фамильной модели. В основе лежит мужское имя Зульхарней, которое восходит к арабскому Зуль-Карнайн (ذو القرنين) — «обладатель двух рогов». В исламской традиции так называют легендарного правителя, часто отождествляемого с Александром Македонским, который, по преданию, дошёл до края земли и воздвиг стену против народов Гога и Магога. Прозвище «двурогий» могло означать силу, власть или особую метку на головном уборе.

Словообразовательная модель типична для волго-уральского региона: тюркская основа плюс русский суффикс принадлежности -ев. Фамилия образована не напрямую от арабского прототипа, а от его тюркизированной формы Зульхарней, где конечное -й указывает на имя в исходной форме. Прибавление -ев дало значение «сын Зульхарнея» или «из рода Зульхарнея». Встречаются варианты написания с одной «н» (Зульхарнеев) или с «и» в середине (Зульхарниев), но форма с «е» после «н» — исторически основная.

Географически фамилия почти целиком привязана к Татарстану и Башкортостану, а также к татарским и башкирским диаспорам в соседних областях — Оренбургской, Челябинской, Самарской. Это указывает на то, что предки носителей фамилии приняли православие или, что реже, были крещёными татарами, поскольку в мусульманской среде фамилии на -ев/-ов среди татар распространились только после реформ XIX века, но часто сохраняли арабские корни.

Редкость фамилии — в её двойной культурной переработке: арабское имя стало тюркским прозвищем, а затем русской фамилией, но так и не получила широкого распространения за пределами Поволжья. Если искать параллели, то однокоренные Зулькарнаев, Зулькарнеев и Зульхарнаев встречаются там же и образованы по той же схеме, но с небольшими фонетическими расхождениями. В отличие от них, форма Зульхарнеев сохранила более точное звучание исходного имени, что делает её ценной для историков языка.