Фамилия Зулькарнеев — одна из тех, что выдают мусульманское, скорее всего татарское или башкирское происхождение. Её основа — арабское имя Зулькарнайн (ذو القرنين), что буквально переводится как «обладатель двух рогов» или «двурогий». В исламской традиции так называют легендарного праведного правителя, которого часто отождествляют с Александром Македонским (в Коране он упоминается как Зуль-Карнайн). Имя это было популярно у тюркских народов, принявших ислам, и со временем дало начало фамилиям на -ев.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к арабскому имени Зулькарнай(н) добавили русский патронимический суффикс -ев. Окончание -н в основе отпало, как это часто бывает при адаптации восточных имён в русской среде (сравните: Ибрагим → Ибрагимов, но иногда Ибрагимович). Таким образом, Зулькарнеев буквально означает «сын Зулькарная» или «потомок Зулькарнайна».

Интересная деталь: в некоторых говорах и старых записях встречается вариант Зулькарнаев — с сохранением полного корня. Но закрепилась именно форма без «н»: Зулькарнеев. Это типичный пример того, как устная традиция «обрубает» неудобный для русского произношения конечный согласный. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то можно вспомнить Зулькарнаевых (встречается у башкир) или более редкую Зулькарнаинов — но последняя уже почти не бытует.

Географически фамилия сосредоточена в регионах традиционного расселения татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, а также в Оренбургской, Челябинской областях. Встречается она и у крымских татар, но реже. Социальный контекст типичен для многих мусульманских фамилий Российской империи: предки носителя, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а имя Зулькарнай давали в честь уважаемого коранического персонажа. Никакого отношения к ремеслу или прозвищу эта фамилия не имеет — она чисто именная, патронимическая.