Фамилия Зулькарнаев происходит от арабского мужского имени Зулькарнай, что значит «двурогий». Это имя имеет древнюю историю: в Коране так называют праведного правителя Зу-ль-Карнайна (иногда отождествляемого с Александром Македонским), которому Аллах даровал власть над землей. Прозвище «двурогий» в арабской традиции могло означать силу, власть над двумя частями света (востоком и западом) или символизировать два рога как атрибут могущества.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Зулькарнай присоединен патронимический суффикс -ев, типичный для русских фамилий, образованных от имен, оканчивающихся на -й. Таким образом, Зулькарнаев буквально означает «потомок Зулькарная». Фамилия тюркского происхождения — такие имена из арабского мира активно заимствовались тюркскими народами (татарами, башкирами, казахами) вместе с исламом, а затем адаптировались к русской фамильной системе через суффиксы -ов/-ев.

Интересная деталь: имя Зулькарнай в тюркской среде иногда воспринималось не столько как религиозное, сколько как пожелательное — родители давали его сыну в надежде на силу, лидерство и удачу, сравнивая ребенка с легендарным героем. Поэтому предки носителей фамилии Зулькарнаев могли быть не обязательно духовными лицами, а скорее людьми, ценившими в роду мужество и властность.

Фамилия встречается преимущественно у татар и башкир, а также у народов Северного Кавказа. В дореволюционной России носители фамилии относились к разным сословиям — от крестьян до купцов и мурз, так как имя Зулькарнай было распространено в среде как простых мусульман, так и знати.