Фамилия Зулкарнаев восходит к арабскому мужскому имени Зулькарнай, которое в переводе на русский язык означает «двурогий». Вероятно, нарекая ребенка таким именем, родители желали, чтобы их сын рос смелым, мужественным и сильным.