Фамилия Зулкарниева — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а арабское теофорное имя, то есть содержащее указание на Бога. Разбирать её стоит с корня, а не с суффикса.

Основа — мужское мусульманское имя Зулкарний, вариант имени Зуль-Карнайн (араб. ذو القرنين, «обладатель двух рогов»). В Коране так называют праведного правителя, которого часто отождествляют с Александром Македонским, но в исламской традиции это не завоеватель, а пророк или святой царь, получивший власть над востоком и западом. «Два рога» здесь — символ власти над двумя краями земли. Имя популярно у народов, исповедующих ислам: татар, башкир, народов Кавказа, казахов.

Русская фамилия образована по типичной модели: к основе Зулкарний добавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного), а затем — фамильный суффикс -а, указывающий на женскую линию. То есть Зулкарниев — «сын Зулкарния», Зулкарниева — «дочь/жена Зулкарниева». Ударение в русском бытовании чаще падает на третий слог: Зулкарни́ева, хотя в языке-источнике ударение могло быть иным.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где ислам имеет глубокие корни в России: Татарстан, Башкортостан, Дагестан, Чечня, а также среди татарской диаспоры в других областях. Встречается она редко, поэтому её носители почти наверняка имеют прямую связь с тюркской или кавказской культурой.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ев, образованных от славянских имён (Иванов, Петров), здесь суффикс присоединили к чужеродному корню без адаптации — не «Зулкарнинов», а именно Зулкарниев, сохранив мягкость конечного звука основы. Это говорит о сравнительно позднем закреплении фамилии в русской документации, уже после того, как модель «имя + -ев» стала стандартной для всех сословий.