Фамилия Зулькарниев — редкий пример русской фамилии, образованной от полного арабского имени. Её основа — мужское имя Зулькарний, которое в свою очередь восходит к арабскому Зу-ль-Карнайн — «обладатель двух рогов». Так в Коране и мусульманской традиции называют Александра Македонского: прозвище связывали с его походами на край света (от востока до запада) либо с двумя локонами волос на голове, которые толковались как знак силы.

Фамилия строится по стандартной русской патронимической модели: к основе на -ий добавляется суффикс -ев (а не -ов, потому что конечный звук основы мягкий). Зулькарниев буквально означает «сын Зулькарния». Такое оформление характерно для фамилий тюркских и кавказских народов, принявших ислам, но живших в тесном контакте с русским делопроизводством. В документах XIX — начала XX века имя Зулькарний фиксируется у башкир, татар, реже у казахов; именно в башкирской среде фамилия Зулькарниев встречается чаще всего.

Интересно, что в отличие от многих фамилий, потерявших связь с исходным значением, Зулькарниев сохраняет прямую отсылку к конкретному историко-мифологическому персонажу. Носитель фамилии мог быть потомком человека, которого назвали в честь «двурогого» завоевателя — возможно, в знак уважения к его силе или мудрости, либо просто следуя восточной моде на «высокие» имена.

Встречается вариант написания Зулькарнеев — с заменой и на е под влиянием произношения. Оба варианта считаются корректными, хотя форма через и более точно передаёт арабский оригинал. В русском контексте фамилия остаётся малораспространённой: по открытым данным, в России её носят несколько сотен человек, преимущественно в Башкортостане и соседних регионах.