Фамилия Зулькарняев — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована от арабского имени через тюркское посредничество. В основе лежит мужское имя Зулькарняй — это татарская и башкирская народная форма арабского Зуль-Карнайн (Зу-ль-Карнайн), что переводится как «обладатель двух рогов». В исламской традиции это прозвище-эпитет Александра Македонского, которого в Коране почитают как праведного царя и пророка. Имя было широко распространено среди тюрко-мусульманских народов Поволжья и Приуралья, что и объясняет географию фамилии: она типична для татар, башкир, реже встречается у казахов.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: к основе Зулькарняй добавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Фамилия означает «сын Зулькарняя» и закрепилась в России в XIX веке, когда у татар и башкир начали массово фиксировать фамилии по отчеству. Интересно, что в некоторых документах XIX века встречается написание Зюлькарняев — через «ю» под влиянием татарской кириллической передачи звука [ү], но в современном русском языке закрепился вариант с «у».

Спорных версий происхождения практически нет — корень очевиден и хорошо документирован в ономастических справочниках. Редко можно встретить попытку связать фамилию с тюркским словом «карня» (ворон) или «карь» (снег), но это лингвистически несостоятельно: имя Зуль-Карнайн — арабское, и его составные части (зу — «обладатель», карнайн — «двух рогов») не имеют ничего общего с тюркской лексикой.

Социальный контекст: носители фамилии Зулькарняев в Российской империи относились в основном к сословию государственных крестьян и тептярей (смешанное сословие нерусских народов Приуралья). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В советское время фамилия не утратилась, а, напротив, распространилась шире благодаря миграциям — сегодня её можно встретить не только в Татарстане и Башкортостане, но и в Оренбургской, Челябинской, Свердловской областях, а также в Москве.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то параллельные формы — Зулькарнаев, Зулькарнай (без суффикса), а также Зубаиров или Зубайдуллин — образованы по той же модели от арабских имён с первым элементом «зу». Но Зулькарняев выделяется тем, что его основа — не имя пророка или халифа, а эпитет исторической личности, что делает фамилию редкой даже среди тюркских патронимов.