Фамилия Зулькарнаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Зулькарнаев уходит в XV-XVII вв. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Зулькарнаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Фамилия Зулькарнаев восходит к арабскому мужскому имени Зулькарнай, которое в переводе на русский язык имеет значение «двурогий». Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Зулькарнаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Тем не менее, фамилия Зулькарнаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.