Фамилия Зулькарнаеов — яркий пример того, как русская словообразовательная система «переварила» иноязычную основу. На первый взгляд бросается в глаза необычный суффикс -еов, который встречается реже привычного -ов. В русском языке суффикс -ев/-еов обычно присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный, шипящий или «ц». Но здесь мы видим твердый «н», что говорит о возможной адаптации сложного восточного имени: исходное «Зулькарнай» или «Зулькарнаи» при русификации дало форму «Зулькарнаев», а затем, под влиянием диалектного произношения или канцелярской ошибки, закрепилось написание через «ео». Впрочем, это не меняет сути: фамилия образована от арабского мужского имени Зуль-Карнайн (ذو القرنين), что переводится как «обладатель двух рогов» или «двурогий». В исламской традиции это эпитет пророка или праведного правителя, которого часто отождествляют с Александром Македонским (в Коране он упомянут как могущественный царь, путешествовавший до края земли). Таким образом, основатель рода Зулькарнаеовых получил фамилию по имени отца или деда, которое было дано в честь этого легендарного персонажа.

География фамилии почти целиком привязана к регионам традиционного распространения ислама в России: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, отчасти Удмуртия и Челябинская область. Это типично тюрко-татарская фамилия, которая редко встречается за пределами этих мест. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках можно найти варианты написания: «Зюлькарнаев», «Зулькарнаев» — искажения при записи на слух русскими чиновниками. Сословно носители фамилии в основном относились к государственным крестьянам, мещанам или купцам, но никогда — к дворянству, так как татарская аристократия после присоединения Казанского ханства редко сохраняла родовые прозвания в неизменном виде.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, которые в русском языке склоняются по падежам, Зулькарнаеов в бытовой речи часто «застывает» в форме Зулькарнаев (без второго «о»). Это не ошибка, а живой процесс усечения редкого суффикса — люди интуитивно упрощают неудобное произношение. Однако в официальных документах (паспортах, свидетельствах) обычно сохраняется исходная, более архаичная запись.