Фамилия Зулькарнаева восходит к арабскому мужскому имени Зулькарнай, которое в переводе на русский язык имеет значение «двурогий». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Зулькарнаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.