Фамилия Зулкарнаева образована от арабского мужского имени Зулькарнай, что в переводе на русский означает «двурогий». Это имя имеет глубокие корни в исламской культуре: под «двурогим» (Зу-ль-Карнайн) в Коране упоминается праведный правитель и завоеватель, которого часто отождествляют с Александром Македонским. Нарекая сына таким именем, родители желали ему вырасти смелым, мужественным и сильным человеком — качествами, приписываемыми этому легендарному персонажу.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Зулкарнай прибавился русский патронимический суффикс -ев, характерный для фамилий, образованных от имен, оканчивающихся на согласный или -й. Таким образом, потомок человека по имени Зулкарнай со временем получил фамилию Зулкарнаев, а женская форма Зулкарнаева указывает на принадлежность к этому роду.

Фамилия эта — редкая не только по звучанию, но и по географии. Основной ареал её бытования — регионы Северного Кавказа (Чечня, Ингушетия, Дагестан) и Поволжье (Татарстан, Башкортостан), что связано с традицией использования арабских имён у тюркских и кавказских народов, принявших ислам. Встречаются и варианты написания: Зулкарнаев, Зулькарнаев, Зулкарнаева — с колебанием в мягком или твёрдом произношении согласного «л» и с буквой «ь» или без неё.

Интересно, что в отличие от многих фамилий, образованных от арабских корней, у Зулкарнаевой нет параллельных «светских» вариантов или сокращений — имя Зулькарнай почти не встречается в русских святцах, так что фамилия сохранила прямую связь с кораническим сюжетом. В дореволюционных записях эту фамилию могли фиксировать как Зулкарнаевъ, с твёрдым знаком на конце.

Так и представитель рода Зулкарнаевых может по праву гордиться своей фамилией как ценным источником семейной истории: передаваясь из поколения в поколение, она по сей день хранит память о происхождении человека.