Фамилия Зулкарнеев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Зулкарнеев уходит в XV-XVII вв. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Зулкарнеев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Фамилия Зулкарнеев восходит к арабскому мужскому имени Зулькарнай, которое в переводе на русский язык означает «двурогий». В Коране так называют военного руководителя на шлеме которого два рога. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Зулкарнеев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Тем не менее, фамилия Зулкарнеев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.