Фамилия Зулкарнеевы (и её вариант Зулкарнеев) строится по классической русской модели: к восточному имени добавляется русский патронимический суффикс -ев. Основа здесь — арабское мужское имя Зулькарнай (или Зу-ль-Карнайн). В переводе с арабского оно означает «двурогий» или «обладатель двух рогов». В Коране это прозвище (лакаб) относится к легендарному военному вождю и праведнику — на его шлеме действительно было два рога, что символизировало силу и божественное покровительство. В исламской традиции под этим именем чаще всего отождествляют Александра Македонского, которого в ближневосточных источниках называют Искандер Зулькарнайн.

Фамилия Зулкарнеевы уходит корнями в XV–XVII века, когда тюркские и арабо-мусульманские имена активно проникали в русскую антропонимию. Выходцы из Золотой Орды, от печенежских и половецких родов, а позднее — служилые татары и башкиры, принимая православие или поступая на русскую службу, приносили с собой свои родовые имена. Именно так инонациональные основы вошли в состав русских фамилий — через дворянские и служилые роды, многие из которых имели нерусское происхождение. Поэтому фамилия Зулкарнеевы — не случайная экзотика, а прямой след тех исторических процессов, когда выходец с Востока, носивший имя Зулькарнай, становился родоначальником целого рода, а его потомки получали фамилию по отцу.

Словообразовательно фамилия прозрачна: корень Зулкарнай- (в русской передаче часто теряет конечный -н) плюс суффиксальный формант -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Зулкарнаев сын). Встречающееся написание с двумя «е» (Зулкарнеевы) — результат ассимиляции или просто орфографической вариации, не меняющей этимологии. В отличие от многих фамилий, где основа затемнена, здесь значение имени сохраняется прямо: предок носил прозвище, данное при жизни или полученное при крещении как калька с арабского.

Географически фамилия Зулкарнеевы сегодня чаще всего встречается среди татар, башкир и в среде народов Северного Кавказа — в тех регионах, где исламская культура и тюркские языки были исторически распространены. Встречаются и русские носители, но их родословная почти всегда ведёт к тому же восточному корню — через крещёных татар или выходцев из ордынской знати.

Историческая достоверность восточного происхождения фамилии Зулкарнеевы обычно не вызывает споров: имя Зулькарнай хорошо задокументировано в мусульманских именословах, а русская фамилия на его основе — типичный пример адаптации арабского антропонима в русской среде. Единственный спорный момент — могло ли прозвище «двурогий» в конкретном случае относиться не к кораническому персонажу, а к реальному человеку, носившему шлем с рогами или имевшему физическую особенность. Но для фамильной этимологии это не принципиально: имя как имя, и его значение уже закреплено культурной традицией.