Фамилия Зулкарнеева образована от арабского мужского имени Зулькарней. В переводе на русский это имя означает «двурогий». В Коране так называют военного предводителя, на шлеме которого были два рога. Родители, давая ребёнку такое имя, желали ему вырасти мужественным, храбрым и смелым воином. Потомок человека по имени Зулькарней со временем получил фамилию Зулкарнеева.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия построена по стандартному для русской среды принципу: к основе имени Зулкарней добавлен суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Зулкарнеев). Окончание -а в форме Зулкарнеева обозначает, что перед нами женский вариант фамилии, тогда как мужской вариант — Зулкарнеев. Такая модель типична для фамилий, которые возникли в тюрко-мусульманской среде, но затем были русифицированы через суффикс принадлежности.

Само имя Зулькарней — это арабизированная форма древнего прозвища, которое в исламской традиции закрепилось за Александром Македонским. В кораническом тексте «Зу-ль-Карнайн» (буквально «обладатель двух рогов») — это справедливый правитель, который совершил путешествие до края света и построил стену против народов Яджудж и Маджудж. Образ «двурогого» встречается и в доисламской аравийской мифологии, где рога символизировали силу и власть.

Фамилия Зулкарнеева распространена преимущественно среди татар и башкир — народов, в чьей антропонимии арабские имена через ислам прижились ещё в эпоху Волжской Булгарии. Встречается она и у казахов, но реже. Географически чаще всего носителей фамилии можно найти в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах с давними традициями исламской культуры. За пределами России фамилия встречается в среде татарской диаспоры в странах Средней Азии.

Поскольку фамилия образована напрямую от имени, без промежуточного прозвища или профессии, её социальная история прозрачна: предки современных Зулкарнеевых были людьми, чьё имя или прозвище закрепилось в качестве родового. Сословная принадлежность могла быть разной — от крестьян до купцов и духовенства, — но единого «сословного» следа фамилия не несёт.